Flypassasjeravgiften vil kunne skape ulike konkurransevilkår for flyselskapene. Det gjelder særlig for transfertrafikken. Passasjerer som på en reise flyr med to selskaper som har en samarbeidsavtale, vil kun betale passasjeravgift én gang. Passasjerer som på samme strekning flyr med to selskaper uten en slik avtale vil måtte betale avgiften to ganger.
Konkurransetilsynet savner en nærmere vurdering av om den nye avgiften vil kunne ramme flyselskapene ulikt, avhengig av om selskapet har sin hovedvirksomhet i lavprissegmentet eller i fullservicesegmentet. Prisøkningen per billett vil, dersom den overføres fullt ut i prisen til passasjerene, prosentvis være størst for lavprisbilletter. For flyselskap som opererer innen lavprissegmentet vil dette kunne gi en relativt større nedgang i passasjerer enn for flyselskap som opererer innen fullservicesegmentet.
I ytterste konsekvens vil innføringen av flypassasjeravgiften kunne føre til færre aktører i det norske luftfartsmarkedet og redusert konkurranse.
Sunn konkurranse er viktig både for forbrukerne og for å sikre en effektiv bruk av samfunnets ressurser. En forutsetning for å realisere fordelene ved konkurranse er at selskaper konkurrerer på like vilkår.